Klinische Studien

PraenaTest® – Klinische Studien

Aussagekraft des PraenaTest® bei Einlings- und Zwillingsschwangerschaften, gonosomalen Aneuploidien und der 22q11.2 Mikrodeletion
(assoziiert mit dem DiGeorge-Syndrom)

Der PraenaTest® wurde an insgesamt 870 Proben von Einlings- und Mehrlingsschwangerschaften in mehreren Studien erfolgreich validiert und liefert bei 99,8% aller durchgeführten Analysen ein eindeutiges Ergebnis. Untenstehend erhalten Sie detaillierte Daten zur Testgenauigkeit des PraenaTest® aus unseren diversen klinischen Studien.

Aussagekraft des PraenaTest® bei Einlingsschwangerschaften

Daten zur Leistungsbewertung des NGS-basierten PraenaTest® aus Studien in 2012/2013
Die Aussagekraft des PraenaTest® wurde mittels Studien, an denen die LifeCodexx AG massgeblich beteiligt war, validiert. Im Rahmen einer europäischen Validierungsstudie (EVS) wurden insgesamt 468 Blutproben analysiert und ausgewertet. Im Rahmen einer weiteren Studie mit Proben der Partner-Firma Sequenom Inc., USA, (Sequenom Collective Study, SCS) wurden 340 Proben analysiert und ausgewertet. Die zusammenfassende Leistungsbewertung umfasste somit die Analyse von insgesamt 808 Blutproben mit 75 Trisomie-21-Fällen (EVS 41, SCS 34), 14 Trisomie-18-Fällen (EVS 8, SCS 6), und 8 Trisomie-13-Fällen (EVS 5, SCS 3). Es wurden 806 der 808 Blutproben korrekt klassifiziert (99,8%) (Tabelle 1). Im Rahmen der EVS war ein Ergebnis falsch-negativ für Trisomie 21 und ein Ergebnis falsch-positiv für Trisomie 18 (mit auffälligem Karyotyp fur Chromosom 10). Das ergibt eine Gesamt-Sensitivität bezüglich der Trisomie 21 von 98,7% bei einer Falsch-Positiv-Rate von 0% (Tabelle 2). Die Fallzahlen zur Bestimmung der Trisomien 13 und 18 reichen für die Angabe gesonderter Sensitivitäten und Spezifitäten nicht aus.

Tabelle 1: Fallzahlen und Gesamtdetektionsraten der fetalen Trisomien 21, 18 und 13 innerhalb der Studienkollektive

EVS 2012

SCS 2013

Gesamt

Korrekt klassifizierte Proben

466/468 (99,6%)

340/340 (100%)

806/808 (99,8%)

Trisomie 13

5/5 (100%)

3/3 (100%)

8/8 (100%)

Trisomie 18

8/8 (100%)

6/6 (100%)

14/14 (100%)

Trisomie 21

40/41 (97,6%)

34/34 (100%)

74/75 (98,7%)

Gesamtdetektionsrate

53/54 (98,1%)

43/43 (100%)

96/97 (99,0%)

Falsch-Positiv-Rate

1/414 (0,2%)

0/297 (0%)

1/711 (0,1%)

Tabelle 2: PraenaTest® Sensitivität & Spezifität für die Detektion der fetalen Trisomie 21 bei Einlingsschwangerschaften

(Mosaike sowie strukturelle Aberrationen finden keine Berücksichtigung).

EVS 2012

SCS 2013

Gesamt

Sensitivität
(unteres einseitiges 95% KI)

97,6%
(88,9%)

100%
(91,6%)

98,7%
(93,8%)

Spezifität
(unteres einseitiges 95% KI

100%
(99,3%)

100%
(99,0%)

100%
(99,6%)

Daten zur Leistungsbewertung des PraenaTest® Option1 zur Bestimmung der fetalen Trisomie 21 (Studie Dezember 2016)

Die Aussagekraft der neuen PraenaTest® Option 1 wurde im Rahmen einer Leistungsbewertung validiert. Die Studienergebnisse der maternalen Plasmaproben (n=966) zeigen eine positive prozentuale Übereinstimmung (PPA, positive percentage agreement; entspricht der Sensitivität) von 100% (niedrigeres 1-seitiges 95% -Konfidenzintervall von 91,8%; n=35/35) sowie eine negative prozentuale Übereinstimmung (NPA, negative percentage agreement; entspricht der Spezifität; n=931/931) von 100% im Vergleich zum NGS-basierten PraenaTest®. Der negative prädiktive Wert (NPV, negative predictive value war 100% (niedrigeres 1-seitiges 95% Konfidenzintervall von 99,68%). Der durchschnittliche Anteil fetaler DNA aller untersuchten Blutproben betrug 8,1%. Bei 54 Blutproben mit einem Anteil fetaler DNA von unter 4% bzw. bis zu 2,4% wurde ein korrektes Testergebnis erzielt.

Aufgrund einer 100%-igen positiven sowie negativen Übereinstimmung der Ergebnisse des validierten qNIPT Konzepts (neue PraenaTest® Option 1) mit dem PraenaTest® basierend auf Next Generation Sequencing (NGS), bleibt die finale Testgüte für den PraenaTest® unverändert. Bitte beachten Sie, dass die neue PraenaTest® Option 1 nicht bei Zwillingsschwangerschaft angewendet werden kann. Bitte beachten Sie auch die Limitationen.

Mehr zur Methode und Validierung finden Sie hier.

Tabelle 3: Testgüte des PraenaTest® Option 1 für die Untersuchung des Chromosoms 21 bei Einlingsschwangerschaft

qNIPT 2016

Korrekt klassifizierte Proben

966/966 (100%)

Trisomie 21 positiv

35/35 (100%)

Trisomie 21 negativ

931/931 (100%)

Sensitivität
(unteres einseitiges 95%KI)

100% (91,8%)

Spezifität
(unteres einseitiges 95%KI)

100% (-)

NPV
(unteres einseitiges 95%KI)

100% (99,68%)

Aussagekraft des PraenaTest® bei Zwillingsschwangerschaften

Im Rahmen einer Leistungsbewertung des PraenaTest® für Mehrlingsschwangerschaften wurden 60 Zwillings- sowie 2 Drillingsschwangerschaften untersucht (darunter 16 Proben unserer Partner-Firma Sequenom Inc., USA) (Tabelle 3). Die 6 in den Zwillingsschwangerschaften enthaltenen und durch Karyotypisierung bestätigten Trisomie-21-Fälle (1 x monochorial, konkordant; 5 x dichorial, diskordant) wurden mit dem PraenaTest® korrekt klassifiziert. Alle anderen untersuchten Mehrlingsproben wiesen unauffällige PraenaTest®-Ergebnisse auf. Eine fetale Trisomie 13 oder 18 trat in keiner der untersuchten Mehrlingsschwangerschaften auf, so dass keine Rückschlüsse auf eine PraenaTest®-Genauigkeit hinsichtlich dieser Trisomien bei Mehrlingsschwangerschaften gezogen werden konnen. Es wurden zu wenige Drillingsschwangerschaften untersucht, um eine Leistungsbewertung und Angaben zur Testgenauigkeit für Drillingsschwangerschaften zu treffen.

Tabelle 4: Ergebnisse der Leistungsbewertung des PraenaTest® zur Bestimmung der fetalen Trisomien 21, 18 und 13 bei Mehrlingsschwangerschaften

(alle positiven und ein Teil der negativen Ergebnisse (SQNM Studie 2013) wurde mittels Karyotypisierung überprüft)

LC Studie 2013

SQNM Studie 2013

Gesamt

Korrekt klassifizierte Proben

46/46*

16/16

62/62*

Trisomie 21

2/2

4/4

6/6

Trisomie13/18

0

0

0

Detektionsrate

2/2

4/4

6/6

*inklusive 2 Drillingsschwangerschaften

Aussagekraft des PraenaTest® bei gonosomalen Aneuploidien

Der PraenaTest® für die Bestimmung fetaler gonosomale Aneuploidien (Turner-, Triple X-, Klinefelter- und XYY-Syndrom) wurde an insgesamt 434 Proben von Einlingsschwangerschaften untersucht. Dabei wurden 11 von der 12 betroffenen Proben korrekt bestimmt. Darüber hinaus wurden fünf diskordante, „falsch-positive“ Ergebnisse erzielt. Aufgrund der geringen untersuchten Fallzahlen wird die LifeCodexx AG im Moment keine gesonderten Sensitivitäten und Spezifitäten für gonosmale Aneuploidien ausweisen.

Tabelle 5: Ergebnisse der Leistungsbewertung des PraenaTest® zur Bestimmung gonosomaler Aneuploidien bei Einlingsschwangerschaften

EVS 2012

SQNM Studie 2013

Gesamt

Korrekt klassifizierte Proben

377/383* (98,4%)

51/51(100%)

428/434* (98,6%)

Turner-Syndrom

7/8 (87,5%)

3/3 (100%)

10/11 (90,9%)

Triple-X-Syndrom**

0

0

0

Klinefelter-Syndrom**

0

0

0

XYY-Syndrom

1/1 (100%)

0

1/1 (100%)

Gesamtdetektionsrate

8/9 (88,9%)

3/3 (100%)

11/12 (91,7%)

Falsch-Positiv-Rate

5/374 (1,3%)

0/48 (0%)

5/422 (1,2%)

* Drei Proben mit unauffälligem männlichen Karyotyp wurden als falsch-positiv für das Klinefelter-Syndrom klassifiziert. Bei zwei dieser Proben lag der cffDNA-Gehalt unter 5%. Die dritte Probe zeigte einen auffälligen Chromosom-X-Wert, so dass hier von einem maternalen Triple-X ausgegangen werden kann, welches mittel konventioneller Karyotypisierung im Rahmen der Studie nicht bestimmt wurde. Bei zwei weiteren falsch-positiv klassifizierten Proben für das Turner-Syndrom könnte die Ursache neben eines niedrigen cffDNA-Gehalts auch ein maternales Mosaik sein.
** Das Triple-X- und das Klinefelter-Syndrom wurden unabhämgig von dieser Leistungsbewertung im Rahmen von Forschungsprojekten untersucht und erfolgreich bestimmt.

Aussagekraft des PraenaTest® bei der 22q11.2 Mikrodeletion (assoziiert mit dem DiGeorge-Syndrom)

Für die Validierung der Untersuchungsmethode wurden sowohl Daten von künstlich hergestellten DNA-Mischproben sowie mehreren Proben von schwangeren Frauen, deren ungeborenes Kind eine 22q11.2 Mikrodeletion aufwies, untersucht. In allen Fällen wurden eine 22q11.2 Mikrodeletion korrekt nachgewiesen. Aufgrund der niedrigen Fallzahl kann eine konkrete Testsensivität und -spezifität derzeit nicht abgeleitet werden.